Stupavský hrad sa prvý krát spomína v roku 1271, keď ho dobyl český kráľ Přemysl Otakar II.
Dodnes však historici nevedia s určitosťou povedať, kde sa tento hrad nachádzal.
Do úvahy prichádzajú tri lokality: stupavský kaštieľ,
Dračí hrádok a Pajštún.
V mnohých zdrojoch sa uvádza, že dnešný stupavský kaštieľ stojí na mieste Stupavského hradu,
ktorý bol v polovici 17. storočia prestavaný na ranobarokový opevnený kaštieľ.
Túto teóriu podporuje aj fakt, že kaštieľ i v súčasnosti obklopuje vodná priekopa,
a výskum archeológov na neďalekom Dračom hrádku, podľa ktorého je Dračí hrádok pozostatkom rímskej stavby.
V okolí tak nebola k dispozícii iná lokalita vhodná pre hrad. Uvedená hypotéza má však aj slabé miesta.
Na mieste dnešného kaštieľa pred prestavbou v polovici 17. storočia stál menší šľachtický dom - kaštieľ zo 16. storočia.
Okrem toho sa v 15. storočí niekoľko krát spomína opevnený kostol, ktorý by bol v obci zbytočný, ak by sa v nej nachádzal hrad.
Najnovšie výskumy na Dračom hrádku však uvedenú teóriu začali postupne meniť.
Podľa archeológa Zdena Farkaša Dračí hrádok vystavali v 13. storočí.
Týmto sa objavuje hypotéza, že Dračí hrádok bol v skutočnosti Stupavským hradom.
Archeologické výskumy datujú zánik Dračieho hrádku koncom 13. storočia,
čo by zodpovedalo roku 1271, keď Stupavský hrad dobyl Přemysl Otakar II.
Pravdepodobne po násilnom zániku Dračieho hrádku alias Stupavského hradu bol neďaleko vystavaný hrad Pajštún.
Otázkou však zostáva, prečo Dračí hrádok (Stupavský hrad) nebol obnovený na pôvodnom mieste?
Zo strategického hľadiska má Dračí hrádok výhodnejšiu polohu ako Pajštún ale podlažie je na stavbu kamenného hradu nevhodné.
Teóriu, že Dračí hrádok je Stupavský hrad podporuje jeden z názvov neďalekej obce Borinka.
Tá sa v 19. storočí nazývala Stupavský Podzámek.
Táto obec pravdepodobne nebola poddanskou obcou Stupavy ale niektorej výšinnej lokality na okolí.