Malacký kaštieľ postavili začiatkom 17. storočia ako panské sídlo Pálffyovcov. Presťahovali sa sem z neďalekého Plaveckého hradu, ktorý prestal vyhovovať zvyšným nárokom na bývanie. Tým sa prenieslo centrum moci do Malaciek. Ako stavebník je zväčša uvádzaný Pavol IV. Pálffy (1620 alebo 1624), nie je však možné vylúčiť výstavbu kaštieľa až po jeho smrti s predpokladom, že stavebníkom mohol byť Ján IV. Karol Pálffy, dedič plaveckého panstva, a to v prvej polovici šestdesiatych rokov 17. storočia. Kaštieľ pravdepodobne nepostavili naraz. Ako prvé asi stálo dnešné južné krídlo, pred ktorým bol rybníček, neskôr zmenený na fontánu s Tritónom (dnes je táto socha, asi z polovice 19. storočia, umiestnená v mestskom parku). Postupne pribúdali ďalšie krídla, čím vznikol kaštieľ na štvorcovom pôdoryse s rozľahlým vnútorným dvorcom podľa vzoru talianskych kastelov 16. a prvej polovice 17. storočia.
Uzatvorenú štvorcovú dispozíciu kaštieľa sa barokoví stavitelia snažili postupne zmeniť z talianskej renesančnej na francúzsku. Dominantou sa stáva prvé poschodie spojené s ústrednou sieňou predkov a balkónom. Ústredné nádvorie sa stáva cestným dvorom. Kaštieľsky park je premenený na francúzsky park so sochami, bludiskami, dančou oborou a lipovou alejou.
Kaštieľ získal svoju súčasnú podobu počas klasicistickej prestavby medzi rokmi 1807-1808. Po nej má priečelie trojuholníkový štít a silné prvky klasicizmu. Dodnes má celý objekt klasicistickú strohú jozefínsku fasádu. Vonkajšie rozmery sú 65 x 65 m a vnútorné 44 x 44 m. Výška po vrch strechy je 16 m. Priečeliu dominuje balkón a nad ním pálffyovský rodový erb - jeleň na zlámanom kolese. Barokové záhrady vystriedal pre klasicizmus charakteristický anglický park - otvorené, slnečné lúky striedajú tienisté plochy lesíkov, vodné plochy fontán a jazierka.
Nielen "pálffyovská mytológia" poukazuje na existenciu tajných únikových chodieb, ktoré sú niekoľko metrov pod úrovňou terénu. Technológia stavby bola jednoduchá. Vykopal sa potrebne hlboký, ale najmä široký výkop, čo niekedy bol značný problém vzhľadom na vysokú hladinu spodnej vody a tekuté piesky. Výkop sa obstaval pálenými tehlami i klenbou a zahrnul. Nad ním vytvorili kaštieľsky park. Chodby sa vraj rozbiehali do viacerých strán, na Rohožník, Malý kaštieľ a Čierny kláštor. Dokonca sa vraví, že v chodbách mohlo ísť panstvo aj na koči.
Posledným členom rodu, ktorý obýval malacký kaštieľ, bol Mikuláš XIII. Pálffy. Po odznení prevratu v roku 1918 sa už do Malaciek nevrátil, odišiel do rakúskeho Marcheggu, kam nechal previezť i časť hnuteľností z kaštieľa. Tu aj 6.3.1935 zomrel. Bol bezdetný a jeho jediný brat Alexander Pálffy bol tiež bezdetný, čím vymreli malackí Pálffyovci. Dedičstvo pripadlo z väčšej časti jeho bratrancovi.
Po prevrate v roku 1918 sa malacký kaštieľ stal majetkom františkánskeho rádu, ktorý v ňom v priebehu 20-tych rokov 20. storočia zriadil internát. Tomuto účelu sa prispôsobujú priestory kaštieľa, okrem iného je na prízemí vybudovaná kaplnka. Skazu dovŕšilo zriadenie nemocnice v druhej polovici 20. storočia. Kaštieľ prešiel rozsiahlymi zmenami a úpravami - steny boli zatreté, drevené ornamentálne parkety nahradilo PVC a linoleum,... drvivá čast pôvodnej výzdoby zanikla. Po zrušení nemocnice bol objekt navrátený františkánskemu rádu a kaštieľ zostal prázdny. S pomocou fondov EÚ sa podarilo zrekonštruovat veľkú časť parku.