O vzniku hradu sa zachovalo len málo spoľahlivých správ aj napriek tomu, že bol postavený na strategickom mieste, v tzv. bráne cesty od Dunaja na Považie. Čeklís začali stavať pravdepodobne po tatárskom vpáde v polovici 13. storočia. Prvá písomná zmienka pochádza až z roku 1290. V listine bratislavskej kapituly, sa spomína Pavol, syn pezinského grófa Kozmu, s prídomkom "de Chekluez". I keď sa o samotnom hrade priamo nehovorí, predpokladá sa, že v obci, kde sa vyberalo mýto, existoval zárodok hradu, resp. strážna veža.
O existencii hradu začiatkom 14. storočia svedčí listina o darovaní (vrátení) hradu "Castrum Chekles" pánovi Abrahámovi kráľom Karolom Róbertom.
Koncom 14. storočia sa hrad dostal opäť do kráľovských rúk. Kráľ Žigmund dal za neho potomkom comesa Abraháma hrad Oponice. V nasledujúcich storočiach bol v súkromných rukách. Postupne ho vlastnili grófi zo svätého Jura a Pezinka, Báthoryovci, Thurzovci až koncom 17. storočia sa stal majetkom rodiny Eszterházyovcov.
V čase rákocziho povstania hrad i poddanská obec Čeklís boli vypálené. Dedinu opäť postavili ale hrad zostal v ruinách. Majiteľ Jozef Eszterházy si nechal postaviť neďaleko hradu barokový kaštieľ (1720 - 1722).