Dračí hrádok postavili na výbežku nad dolinou Stupavského potoka, ktorou viedla stará cesta cez Malé Karpaty do Svätého Jura.
Avšak informácie o vzniku, zániku i samotnom charaktere stavby sú doteraz nejasné.
Podľa výsledkov výskumov archeológov z prvej polovice 20. storočia je štvorcová veža na Dračom hrádku rímska stavba,
resp. stavba postavená na mieste pôvodného rímskeho objektu.
V mnohých prameňoch možno nájsť informácie, že ide o zrúcaniny strážnej veže z 13. storočia,
ktorá zanikla pravdepodobne niekde medzi rokmi 1430 až 1460.
Najnovšie výskumy archeológa Zdena Farkaša ukázali, že veža na Dračom hrádku bola postavená v 13. storočí, čiže sa nejedná o rímsku stavbu.
Avšak veža v tom istom storočí aj zanikla. Objavila sa myšlienka, že Dračí hrádok nie je strážnou vežou,
ako sa dlhé obdobie predpokladalo, ale Stupavským hradom, ktorý bol postavený v 13. storočí
spolu s inými kamennými hradmi ako Holíčsky hrad alebo Plavecký hrad.
Vznik hradu datuje do tohto obdobia aj charakter kamennej stavby a nálezy keramických črepov.
O násilnom zániku hradu v tom istom storočí svedčia výrazné znaky požiaru, nálezy početných častí zbraní, atď.
Hrad založili v geologicky nestabilnom prostredí, čo bol zrejme jeden z hlavných dôvodov, prečo ho po poškodení neobnovili.
Ako náhradu asi vybudovali neďaleko hrad Pajštún.