Prvé stopy osídlenia hradného kopca siahajú až do mladšej doby kamennej.
Najstaršia písomná zmienka pochádza z roku 907. V Salzburských análoch sa spomína bitka medzi maďarskými a bavorskými vojskami pod hradom. Po nej víťazní Maďari obsadili východnú časť Veľkej Moravy čím nastal rozpad Veľkomoravskej ríše.
Prebudovaním slovanského kniežacieho hrádku z obdobia Veľkomoravskej ríše vznikol stredoveký hrad, ktorý sa stal pohraničným hradom uhorského štátu a centrom bratislavského komitátu (komitát = územnosprávna jednotka ranného uhorského štátu, neskôr nahradená stolicou).
Po nájazde Tatárov (roku 1241), ktorému odolal, bola postavená veľká obytná veža a o niečo neskôr v juhovýchodnej časti hradného kopca obranná veža (zachovala sa dodnes pod názvom Korunná veža).
V prvej polovici 15. storočia kráľ Žigmund Luxemburský začal rozsiahlu prestavbu hradu v súvislosti s opevňovaním západných hraníc Uhorska proti husitom. V tejto dobe zanikla veľká obytná veža a na jej mieste bol vybudovaný rozsiahly štvorhranný/štvorkrídlový dvojposchodový neskorogotický palác obklopený vodnou priekopou a moderným opevnením (početné bašty a vstupná brána, zachovaná dodnes a pomenovaná na počesť kráľa Žigmundovou bránou).
Turecké vojny vyhnali uhorských kráľov z Budína a Bratislavský hrad sa stal ich novým sídlom a zároveň hlavným mestom krajiny. S tým je spätá renesančná prestavba hradu v rokoch 1552-1560. Jej cieľom bolo zlepšiť opevnenie hradu a zároveň ho prispôsobiť jeho novej funkcii. K palácu boli pristavané dve nové krídla a upravené vnútorné priestory.
Počas tzv. Pálfyovskej prestavby (v rokoch 1635-1639) bol hradný palác zvýšený o jedno poschodie a k pôvodným dvom vežiam pribudli ďalšie dve. Vďaka tomu získal svoju typickú štvorvežovú podobu.
Za vlády Márie Terézie sa uskutočnila posledná veľká prestavba. V dôsledku kľudnejšej politickej situácie bol hrad zbavený funkcie vojenskej pevnosti. Zo stredovekej pevnosti sa zmenil na reprezentačné sídlo. Bol postavený nový palác, tzv. Terezánium, a ďaľšie budovy, vrátane dvoch francúzskych záhrad v areáli hradu.
Premiestnením centrálnych úradov za vlády Jozefa II. koncom 18. storočia späť do Budína význam hradu upadal. Opustený hrad bol prispôsobený pre potreby generálneho seminára, v ktorom boli vychování kňazi v duchu jozefínskeho osvietenstva a pozornosť sa venovala aj štúdiu v národnom jazyku. (K týmto rokom (1783-1790) sa viaže významná kapitola dejín slovenského národa; sformovala sa tu skupina vzdelancov v boji za národné uvedomenie. Do ich čela sa postavil Anton Bernolák, tvorca prvej spisovnej slovenčiny.) Začiatkom 19. storočia v období napolenských vojen slúžil hrad vojsku ako kasárne. V roku 1811 však vypukol požiar a hrad sa na jeden a pol storočia stal ruinou.
S obnovou Bratislavského hradu sa začalo až po druhej svetovej vojne. V roku 1953 začal archeologický výskum a neskôr v rokoch 1956-1968 rozsiahla rekonštrukcia. Hrad po nej nadobudol podobu z tzv. tereziánskej doby. V roku 1961 bol Bratislavský hrad s areálom vyhlásený za národnú kultúrnu pamiatku (NKP).